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公示公告
成都华西精准医学产业技术研究院有限公司 肺组织全转录组测序项目比选公告
发布时间:2021-09-18 14:23:27   

根据业务需要,成都华西精准医学产业技术研究院有限公司按照公开、公平、公正原则,通过比选方式,择优选择一家服务商,提供肺组织全转录组测序项目服务。现将有关事项公告如下:

一、基本情况

成都华西精准医学产业技术研究院有限公司(以下简称公司)于2017527日在成都市天府新区正式注册成立。公司由四川大学华西医院牵头建设,华西医院指定四川华西健康科技有限公司,成都市政府指定成都科技服务集团有限公司,两方共同出资成立。

二、项目概况

2.1项目名称:成都华西精准医学产业技术研究院有限公司采购肺组织全转录组测序项目服务。

2.2 项目要求

 

序号

物资

名称

工作内容、检测项及质量标准

1

全转录组测序

一.概况

肺组织样本(包括癌组织和癌旁组织)进行RNA抽提以及全转录组测序

 

二.方案要求

1) 测序策略:去核糖体建库测序(含mRNALncRNAcircRNAPE150Small RNA SE50

2) 建库方案:去除rRNA的链特异性RNA文库+ Small RNA文库;

3) 测序数据量:去核糖体建库测序(≥12G),miRNA(10M reads)

4) 测序质量标准:过滤后获得的有效数据在Q30水平≥85%;在Q20水平≥90%

5) 生物信息分析:标准分析+个性化分析;

6) 结果交付:原始数据+结题报告+结果文件,40个工作日内交付所有结果(含数据分析);

7) 比选文件中提供测序平台及测序方案。

 

三.服务内容

使用安捷伦2100(或其他等同设备)检测RNA总量与完整度(RIN),使用去球蛋白TruSeq Stranded Total RNA Library Prep Globinillumina)试剂盒(或其他等同试剂盒)纯化 RNA(去除球蛋白与 rRNA)。RNA和文库质检合格后开展全转录组测序,交付数据质控报告,提供测序结果数据分析服务。

 

四. 分析内容

lncRNA分析

1) 测序产出情况及数据评估,序列比对与拼接;

2) SNPInDel分析,可变剪切分析;

3) 转录本拼接,新转录本预测;

4) LncRNA定量分析;

5) LncRNA筛选(LncRNA筛选结果、筛选LncRNA分类情况、LncRNA特征分析),提供表达结果注释表格、样本相关性分析图、PCA图等;

6) 差异表达分析(提供差异表达分析结果、火山图、散点图、染色体分布、聚类分析、韦恩图等);

7) LncRNAmRNA数据的关联分析,包括mRNAlncRNA特征分析、lncRNA靶基因预测、差异lncRNA与差异mRNA关联分析、共表达分析、ceRNA分析等;

8) 对差异基因基于Gene Ontology(GO)KEGG数据库进行注释及富集分析,提供富集可视化气泡图及pathway结果;

9) 基因互作分析,蛋白互作网络分析,多组学关联分析。

 

circRNA分析

1) circRNA预测;

2) circRNA进行差异表达分析,并进行可视化差异结果展示,包括散点图、火山图、热图;

3) circRNA所在基因组位置上对应的parental gene进行注释,并基于Gene Ontology(GO)KEGG数据库对parental gene进行注释及富集分析,提供富集可视化气泡图及pathway结果;

4) 进行circRNAmRNA数据的关联分析,包括差异circRNA与差异mRNA联分析、共表达分析、ceRNA分析。

 

miRNA分析

1) 测序数据过滤及统计,参考序列及数据库比对;

2) 已知miRNA鉴定,新miRNA预测;

3) miRNA靶基因预测;

4) miRNA表达水平分析;

5) 差异表达miRNA分析;

6) 差异表达miRNA靶基因GO功能分析;

7) 差异表达miRNA靶基因Pathway功能分析;

8) 差异表达miRNA靶基因的KEGG通路分类统计;

9) KEGG通路富集分析;

10) 已知miRNA家族分析;

11) lncRNA-miRNA-mRNA联合分析(包含lncRNA-miRNA联合分析,mRNA-miRNA联合分析)等。

 

五.结果交付要求

数据交付需提供完整的实验报告,具体包括:

1) RNA质检报告:所有检测样本的浓度、纯度相关参数和电泳图等;

2) 实验文件:实验操作流程、常用软件、技术文档、注释文件等;

3) 数据质控报告:提供样本数据质控结果信息等;

4) 实验数据报告:原始数据和bam文件、fastq数据等。

5) 多余组织样本和提取物需返回给比选方;

6) 承诺:不瞒报、谎报、漏报检测数据、结果等信息;承担保密义务,不得泄露、擅自使用或对外发布检测结果和相关信息,严格遵守国家法律、法规和有关纪律要求。

 

服务能力

1) 参选人需具备全转录组测序服务经验和转录组研究分析能力;

2) 具备独立的研发与分析团队,具有多组学整合分析的能力;

3) 具备转录组研究及多组学项目经验;

4) 具备多年全转录组测序服务和多组学数据分析服务的经验,3年内协助客户发表过10篇以上的文章。

 

 

2.3 最高限价:48万元(含税)

2.4 资金来源:成都市财政经费。

三、比选申请人资格要求

参与本次比选系统服务商需符合以下条件:

(一)在中华人民共和国境内注册,遵守国家相关的法律法规政策,信誉良好,近三年无重大事故和不良行为记录;

(二)具有独立法人资格,具有企业法人营业执照、组织机构代码证和税务登记证(三证合一的提供营业执照);

(三)具备售后服务和技术支持团队。

四、比选办法

本项目按照国家政府采购相关政策,采用综合评分,由比选委员会对通过资格审查的比选申请人,按照评分的顺序,确定1—3名中选候选人。

五、比选材料领取截止时间及地点

凡有意且满足申请人资格要求的,请于2021918日至2021926日(上午830分至1200分,下午1400分至1730分),通过以下方式领取比选文件。   

电子邮件发送。请将单位介绍信、身份证复印件、及企业营业执照副本复印件加盖公司鲜章后扫描发送至邮箱hxjzcyyhr@163.com,通过我司审核的单位,我司将于3个工作日内予以回复。

注意:请务必按比选文件要求准备并提交参选材料,逾期未领取比选材料或未提交参选材料的,视为无参与比选意向或放弃参选。本次比选不收取任何费用,参选机构准备比选文件、出席比选会的交通费等费用由参选机构自理。

六、 发布公告的媒介

四川大学华西医院(http://www.wchscu.cn/

成都华西精准医学产业技术研究院有限公司(http://www.hxjzyx.com/